La MGIA es un programa escolarizado que se imparte totalmente en línea, con clases transmitidas en vivo; es una maestría con orientación profesionalizante; ofrece una carga total de 420 horas curso equivalentes a 82 créditos, distribuidos en cuatro semestres (dos años). Los cursos se dividen en tres ejes: Teórico (210 horas), metodológico (108 horas) y de titulación (102 horas). 

El eje metodológico enfatiza dos perspectivas de la gestión hídrica: 1) una visión sistémica socio-ecológica a nivel cuenca; y 2) un enfoque político económico. Como se describe en el mapa curricular:

Semestre	Eje teórico socioecológico	Eje teórico Político-económico	Eje metodológico	Eje de titulación
1ero	Sustentabilidad del Agua y Sistemas SocioEcológicos (30 horas)	Modelos de Gestión del Agua (30 horas)	Análisis de Datos 1 (30 horas)	Lectura crítica de textos (24 horas)
2do	Agua y Sociedad (30 horas)	Gobernanza y Políticas Públicas de Agua (30 horas)	Análisis de Datos 2 (30 horas)	Redacción de textos (24 horas)
3ro	Temas selectos (optativos) (18 horas)	Aspectos económicos y administrativos de la gestión del agua (30 horas)	Sistemas de Información Geográfica (30 horas)	Seminario de titulación I (24 horas)
4to	Gobernanza e instituciones adaptativas para el cambio global (30 horas)		Trabajo de campo (30 horas)	Seminario de titulación II (30 horas)